Lužní lesy a nivní louky, donedávna formované pravidelnými záplavami, orná půda s periodickými polními rozlivy, mokřady včetně Zámeckého rybníka v lednickém parku, vyvýšené hrúdy s ostrůvky stepní vegetace a odpovídajícími živočišnými společenstvy – to vše je důvodem, proč i zvířecí obyvatelstvo Soutoku je nesmírně rozmanité a pestré jako skoro nikde jinde u nás. Podíl na tom mají i lidé, kteří tady dlouhodobě hospodařili.
Celé území CHKO Soutok patří do panonské zoogeografické podprovincie. Desítky druhů dosahují na Soutoku severní hranice svého rozšíření. Mnozí živočichové se nevyskytují nikde jinde v České republice, třeba plž zubovec dunajský v řece Kyjovce, z ryb ježdík dunajský a žlutý, ostrucha křivočará, candát východní a drskové menší i větší, četné druhy brouků vázané především na staré solitérní stromy – například krasci Acmaeodera degener, Anthaxia hackeri a A. tuerki, kovaříci Ectamenogonus montandoni, Brachygonus bouyoni a Ampedus hjorti, brouk z čeledi lencovití Dircaea australis, květomil Mycetochara quadrimaculata nebo lesákovití Leptophloeus clematidis a Notolaemus unifasciatus.
Jiné druhy se zde vyskytují v nejpočetnějších populacích, např. stužkonoska vrbová, z brouků lesák rumělkový, krasec dubový nebo krasec Agrilus hastulifer, kovařík Ampedus ruficeps, kornatec Tenebroides fuscus, hrotovec Mordellaria aurofasciata, roháč obecný, tesařík obrovský, tesařík drsnorohý, tesařík Schaefferův, tesařík Trichoferus pallidus nebo páchník hnědý.
Z dalších živočichů se na Soutoku hojně vyskytuje vážka klínatka žlutonohá, typický korýš periodických tůní – listonoh jarní a žábronožka sněžní, z měkkýšů svinutec tenký, škeble rybničná, velevrub tupý, z kroužkovců pijavka lékařská, ryby piskoř pruhovaný a hořavka duhová, z obojživelníků kuňka obecná, rosnička zelená, skokan ostronosý a čolek dunajský, z ptáků čáp bílý, luňáci hnědý a červený, orel mořský a královský, žluna šedá, strakapoud prostřední či lejsek bělokrký.
V roce 2018 byl na Pohansku dokonce popsán nový druh brouka pro vědu, kožojed moravský (Paranovelsis moravicus). Na mohutné pryšce nivních luk, pryšec lesklý a pryšec bahenní, jsou vázány dva druhy motýlů nesytek, nesytka panonská a nesytka bahenní nebo nenápadný druh tesaříka, kozlíček Oberea histrionis. Ve hnízdech mravenců lužních v kmenech mohutných dubů zase žije vzácný pavouk mikárie pospolitá. Potravně jsou na tyto mravence vázány dva druhy kutilek – kutík křivonártý a kutík mravenčí.
Bylo zde zjištěno téměř 50 druhů ryb, okolo 260 druhů ptáků (přes 120 hnízdících), rozmnožuje se zde 11 druhů obojživelníků. Polesí Soutok je oborou s chovem jelení a daňčí zvěře – největší oborou v České republice.
